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ジャマイカでの家族旅行からニューヨークに戻る途中、飛行機が満席だったのでミカエラと兄のベン、ベンの息子で白血病のカルは次の便に乗ることにする。しかし、彼らが着陸した世界は離陸から５年半が経過していた。残された家族は彼らが死んだと嘆いていたが、突然の不可解な現象を目の前にして、理解しようと困惑する。

828便の乗客たちは、失われた人生を取り戻そうと奮闘するが、その生活は政府の監視下に置かれていた。ミカエラは恋人で同僚のジャレッドが親友のローデスと結婚しているという事実に直面し、ショックを受ける。一方ベンは同乗者のラッドに頼まれて、ラッドの息子のえん罪事件解決に協力する。ベンの妻グレースと娘のオリーブは、ある秘密をベンに明かすべきかどうかで意見が分かれ、カルは強迫観念に取りつかれた見知らぬ人から声をかけられる。

ベンとミカエラは、828便に関連した恐ろしい殺人事件を捜査する。被害者のケリーは殺害される前、多くのメディアに出演して828便について話していた。ケリーの殺害現場からネックレスが盗まれており、強盗殺人を疑って捜査を進める。一方、ベンは自分がいなかった間の、妻の人生を受け入れようと努力する。また、オリーブとカルは、５年という年月の経過は双子の彼らが元のように生活するのを思っていたより難しくしているとに気づく。

828便の乗客で医者のサンビは、全身灰色の女性のイメージに導かれて精神科病棟に行く。すると、患者のトーマスから828便の客室乗務員ベサニーに関係する謎のメッセージを受け取る。サンビはこの謎を解明するためにベンに協力を求める。一方、ATFの捜査に加わったミカエラは上司の指示でジャレッドと組む。ミカエラは、「呼びかけ」のせいでおとり捜査を台無しにしてしまい、その結果ジャレッドはが処罰されることになる。

828便の着陸後に失踪した乗客たちの謎が解明される。ベサニーはトーマスを友人の山小屋へ移動させることにする。ベンはトーマスの件に対して「巻き込むな」とミカエラを突き放すが、頭の中では「すべてつながってる」という呼びかけが響いていた。一方、カルはベンを驚かせる不思議な能力を見せる。また、ミカエラは恋愛感情を抑えながらも、自分のせいで職を失いそうなになっているジャレッドを守ろうとする。

外国語でうわ言を叫んだカルは、原因不明の高熱で入院する。カルの不思議なうわ言を聞いたサンビは、828便の機内で聞いた言葉だと気づき、その言葉を話していたのはブルガリア人のマルコだと判明する。グレースは白血病の治験による副作用で高熱が出たのではと心配するが、ミカエラとベンは行方不明の乗客の１人、マルコに関係しているのではないかと考える。カルの容体が悪化し、ベンとミカエラは行方不明になった乗客たちを捜す。

行方不明になった乗客たちは、苦痛を伴う人体実験にさらされていたことがわかる。ベンは調査を進めるため、人体実験が行われていた農場の所有者「ユニファイド･ダイナミック･システムズ」の会計を行うJPウィリアムソンに入社して、乗客たちがどこに連れて行かれたのかを突き止めるようとする。一方、ミカエラはイビーのことを思い出しながら、誰かの鼓動を感じる。その鼓動は、理髪店での発砲事件で撃たれた店主に心臓マッサージを始めた時にも感じたものだった。

ベンは行方不明の乗客たちを見つけるためにNSAのバンス副長官と協力関係を結ぶことにする。一方、ミカエラは緊急出動の指示を受け、ビルの屋上から飛び降りようとしている828便の乗客ハービーのもとへ向かう。彼は自分が死の天使であると信じ、飛び降り自殺をしようとしていた。学校に戻ることになったカルは16歳になった同級生たちと再会する。カルは久しぶりの学校を楽しんだが、「全部が消えそうで怖い」とベンに不安を漏らす。

バンスは犠牲者を出さずに行方不明になった乗客たちを救出すると約束し、ベンとミカエラも彼らを助けだそうと奮闘するが、その計画は失敗する。グレースはベンのためにサプライズパーティーを計画したが、ベンがパーティーに来ないどころか、カルまで姿を消してしまう。カルを危険な目に遭わせたと勘違いし、グレースはベンに家をから出て行ってほしいと言う。一方、ミカエラとジャレッドは危険に巻き込まれる。

ミカエラは呼びかけに従って調査を進めるが、その結果、抑えていたジャレッドへの気持ちが溢れ、彼との関係が大きく変わってしまう。家族を守ろうと決意したベンは、ミカエラの呼びかけの意味を探る。一方、ベンが家を出て行ったことでカルは悲しみ、その様子を見たグレースまでも元気をなくしてしまう。沈んだ雰囲気を変えようとしたオリーブの行動が、ストーン家を大きく揺るがし、家族の溝をが永遠に修復できないほど深まってしまいそうになる。

ベンはカルに「パパはあした、人を助ける」と言われ、呼びかけだと確信するものの、誰を救えばいいのか分からない。困惑するベンに、828便のデイリー機長から連絡が入る。ベンは彼の潔白を証明するために協力することになり、飛行機が消息を絶った日まで遡る陰謀の存在を明らかにしていく。一方、ミカエラは828便の乗客で人体実験施設から脱出したオータムを助ける。しかし、オータムが味方なのかスパイなのかが分からない。

カルが行方不明になりグレースが警察に通報すると、一緒に暮らしていないベンが犯人だと疑われる。ジャレットドの助けでその場をうまくおさめたベンたちは、カルを捜して人里離れた山へ向かう。驚くべきことにカルが描いた絵がそのまま彼の居場所を表すヒントとなっていた。その頃、ミカエルはオータムがスパイだったと気づき、彼女を逮捕して尋問する。そしてカルを見つけた山小屋に謎の男が現れる。

ミカエラはカルの呼びかけで出会った謎の男ジークと自分にどんな関係があるのか探ろうとして、町に戻る前に頭を整理したいと言うジークに付き合い、洞窟へ向かう。ベンは山小屋まで追ってきた少佐の手下から逃げて家に戻るが、自分たちが828便の乗客を憎悪する集団による嫌がらせの対象になっていて、新たな危険に直面していることに気づく。一方、ベンから嫌がらせのことを聞いたサンビのオフィスにも赤いスプレーで落書きがされていた。

サンビが行方不明になる。ベンは「戻りし者の教会」のメンバーが犯人ではないかと疑い調査する。この教会は828便の乗客エイドリアンを崇める狂信的な団体だった。一方、ミカエラとジャレッドの関係を疑ったローデスは、家を出て行ってしまう。ジャレッドは、これで復縁できるとミカエラに前向きな言葉をかけるが、ミカエラは現実から目を背けてばかりいた。そして、ニューヨークに戻ったジークには不吉な呼びかけを聞く。

銀行強盗のグリフィンは川に転落するが、生きて救出される。そのニュースを見たベンたちは、カルとジークへの呼びかけにあった「オオカミ」はグリフィンのことを表していて、同じように時空を移動したのだと確信する。ミカエラは、サンビのいる病院にグリフィンを搬送させる。そして、呼びかけが悪人に起こった場合、どういう事態になるのかを知る。一方、ジャレッドはミカエラのようにはジークを信用できないでいた。

グリフィンが釈放され、ミカエラ、ベン、サンビ、ジークは「彼を止めろ」という呼びかけを聞く。ベンとミカエラは、グリフィンがTVで呼びかけについて公表すれば乗客の身に危険が及ぶことを危惧し、彼の計画を止めようとする。一方、ジャレッドはジークが捨てた紙コップから指紋を採取し犯罪歴を入手して、「ミカエラに近づくな」とジークと対立する。ベン、グレース、オリーブは驚愕の事実を知る。